A Digimon Story: Time Stranger egy izgalmas, szörnygyűjtögető RPG, amely mélyebb stratégiai elemekkel és egy gazdag történettel bővíti a Digimon világát. A játékban az ADAMAS nevű titkos szervezet ügynökeként kell nyomozni természetfeletti jelenségek után, amelyek az emberi és a digitális világban, sőt, még az időn túl is felbukkannak. A fejlesztőcsapat, a Media.Vision, a Digimon Story Cyber Sleuth tapasztalataira építve, magával ragadó új módszerekkel mutatja be a játék történetét és karaktereit.

A játék egyik legfontosabb újítása a személyiségek rendszere. Több mint 450 Digimon rendelkezik 16 különböző személyiségtípussal, amelyek befolyásolják a statisztikák növekedését, a képességek elsajátítását és a Digivolution feltételeit. Például a „Merész” személyiségtípus nagyobb növekedést eredményez a támadás és a védekezés terén. Ezek a személyiségek kezdetben a Digimon „konvertálásakor” határozódnak meg, de később megváltoztathatók.

Egy másik új elem az „Ügynökképességek” rendszere, amely a játékos, mint ADAMAS ügynök, saját képességeit jelenti. A játékosok küldetések teljesítésével pontokat szerezhetnek, amelyeket különféle hatások feloldására használhatnak, például bizonyos Digimon személyiségek fejlesztésére, a tapasztalati pontok növelésére, vagy a Digivolution követelményeinek megkönnyítésére. Az ügynökök egyedi „Cross Arts” képességekkel is rendelkeznek, amelyek egyesítik a játékos Digivice-ának erejét egy Digimon erejével, és erőteljes támogató hatásokat biztosítanak, mint például a statisztikák növelése. Ez a rendszer még mélyebb stratégiai lehetőségeket nyújt a harcokban és a Digimonok fejlesztésében.